בדברי ימי ישראל ישנה מחלוקת לגבי מטרת בניית בית המקדש. היו מחכמי ישראל שאמרו שבית המקדש נועד לשמש לעבודת הקורבנות ולעליה לרגל וזו מטרתו העיקרית. לפי זה בניית בניין המקדש וכלי בית המקדש מהווים מצווה אחת, כי אין בית מקדש ללא קורבנות ואין קורבנות בלי בית מקדש. לעומתם, היו מחכמי ישראל שגרסו שהציווי לבנות את בית המקדש נועד להשרות את שכינת השם בקרב עמו, וזאת ללא קשר לקורבנות. בנוסף, גרסו חכמים, קיים ציווי נוסף, והוא להקריב בבית המקדש קורבנות, ולכן היה צורך במצווה נוספת כדי לבנות את כלי בית המקדש כגון: היעים, המחתות, המגרפות, המנורה, השולחן, מזבח העולה, מזבח הקטורת ועוד. ולכן בדובר כאן בשתי מצוות שונות.
א) על פי השיטה הראשונה, שמייצגה המובהק הוא הרמב"ם, הסיבה הראשונית והעיקרית לציווי השם לבניין בית המקדש, הייתה, כדי לשמש כמקום להקרבת קורבנות, וזאת כדי לכפר על חטאי עם ישראל, ולכן בהכרח יש צורך בכלים בבית המקדש, כי הרי עבודת קורבנות לא תיתכן ללא כלים, ולכן כלי בית המקדש אינם מצווה לעצמה. וכך כותב הרמב"ם ביד החזקה, הלכות תשובה, פרק א: "בזמן הזה שאין בית המקדש קיים, ואין לנו מזבח כפרה, אין שם אלא תשובה, התשובה מכפרת על כל העבירות". ועוד כותב הרמב"ם בהלכות בית הבחירה: "הלכות בית הבחירה יש בכללן שש מצות. שלש מצות עשה ושלש מצות לא תעשה וזה הוא פרטן:
(א) "לבנות בית המקדש (ב) שלא לבנות המזבח גזית (מאבן מעובדת) (ג) שלא לעלות עליו במעלות (ד) ליראה מן המקדש (ה) לשמרו סביב (ו) שלא להשבית שמירתו".
לפי זה, לשיטת הרמב"ם, בניין המקדש וכליו נחשבים למצווה אחת, שכן אין, כאמור, עבודת קורבנות בלי בית מקדש, ואין בית המקדש בלי עבודת קורבנות – הא בהא תליא.
ב) לעומת הרמב"ם, היו חכמים מחכמי ישראל שסברו שבציווי השם לבנות את בית המקדש יש קיימים שתי מצוות שונות הנובעות משתי סיבות שונות. האחת, כדי להשרות את שכינתו בקרב עמו, בקרב בניו ע"י בית המקדש. ואילו הסיבה השנייה לבניית בית המקדש היא עבודת הקורבנות. לפי זה בניית בית הקדש וכלי בית המקדש הם שתי מצוות שונות, ואין ביניהם קשר, והן לא מהוות מצווה אחת.
חכמי ישראל ובראשם הרמב"ן, שסברו שבבניית בית המקדש יש שני מיני מצוות, הדגישו את דברי נביאי ישראל על בית המקדש: הר ה', הר הקודש, בית אלוקי יעקב, שם ה' נקרא עליו, כסא כבוד מרום מראשון (ירמיה יז, יב), מקום השכינה ועוד, בביטוים אלה של הנביאים אין התייחסות לבית המקדש כמקום של הקרבת קורבנות אלא כמקום משכן ושכינת האל.
לפי שיטה זו, כאמור, יש לבניית בית המקדש שתי סיבות שונות הכוללות שתי מצוות שונות. הסיבה האחת - בניית בית המקדש כמקום שכינת האל, והסיבה השנייה - כמקום להקרבת קורבנות כדי לכפר על חטאי ישראל.
וכך כותב הרמב"ן במאמר הנקרא: דרשת הרמב"ן לראש השנה. "הדר העולם ארץ ישראל, הדר ארץ ישראל ירושלים, והדר ירושלים בית המקדש, הדר ביהמ"ק בית קדשי הקדשים, הדר בית קדשי הקדשים מקום הכרובים ששם השכינה, שנאמר: ונועדתי לך שם ודברתי וגו'...".
ועוד כותב הרמב"ן בפירושו לתורה על ספר בראשית, יד, יח על מלכי צדק מלך שָלם, ששָלם היא ירושלים וכלשונו:
"ומלכי צדק מלך שלם היא ירושלים... כי מאז ידעו הגוים כי המקום ההוא מבחר המקומות, באמצע הישוב, או שידעו מעלתו בקבלה, שהוא מכוון כנגד בית המקדש של מעלה ששם שכינתו של הקב"ה שנקרא "צדק," ובבראשית רבה (מג ו) המקום הזה מצדיק את יושביו, ומלכי צדק אדוני צדק, נקראת ירושלים צדק, שנאמר (ישעיה א כא) צדק ילין בה".
חסידי השיטה שעל פיה הולך הרמב"ן מביאים כתנא מסייע את הדברים הכתובים במשנה, במסכת מידות, פרק ה:
וְיוֹם טוֹב הָיוּ עוֹשִׂים, שֶׁלֹּא נִמְצָא פְסוּל בְּזַרְעוֹ שֶׁל אַהֲרֹן הַכֹּהֵן, וְכָךְ הָיוּ אוֹמְרִים, בָּרוךְ הַמָּקוֹם בָּרוּךְ הוּא, שֶׁלֹּא נִמְצָא פְסוּל בְּזַרְעוֹ שֶׁל אַהֲרֹן. וּבָרוּךְ הוּא, שֶׁבָּחַר בְּאַהֲרֹן וּבְבָנָיו לַעֲמוֹד לְשָׁרֵת לִפְנֵי ה' בְּבֵית קָדְשֵׁי הַקֳּדָשִׁים:
והלא העבודה בקודש הקודשים, מקום השכינה, הייתה רק פעם אחת בשנה ביום הכיפורים, ועוד, לא היו שם אהרון ובניו אלא רק אהרון שהיה כוהן גדול או כול כהן גדול שהיה בדורו, ואילו בניו הכוהנים היו משרתים בקודש ומקריבים קורבנות במשך כל השנה בחלקים אחרים של בית המקדש שאינם נקראים "קודש הקודשים". ולכן נראה כי אין כוונת הדברים במשנה לעבודה בקודש הקודשים, אלא לעבודת הכוהנים בכול בית המקדש, שעניינו העיקרי הוא "קודש הקודשים". מכיוון שלדעת הרמב"ן הסיבה לבניית בית המקדש היא להיות בית להשראת השכינה, והשכינה נמצאת רק ב"קודש הקודשים", כי אז לפי הדברים במשנה, מסכת מידות, פרק ה, כל עבודת הקורבנות, כול השנה נקראת "קודש הקודשים".
כידוע, מאז שחרב בית המקדש אין לנו מקום להקריב בו את קורבנות התמיד, והתפילה היא במקום קורבנות התמיד. לפי זה יוצא שלימוד תורת הקורבנות ובנוסף התפילה שהיא תחליף לקורבנות, הם עצמם נחשבים "קודש הקודשים", ולכן, יהודי המתפלל ולומד תורת הקורבנות, כאילו הוא עצמו הקים את בית המקדש.